实验中心构建了水利工程概念训练、专业技能实验、创新实验和工程实践四个层次的实验教学体系。工程概念训练室负责对全校学生的水利工程概念训练，激发学生对今后学习的兴趣和探索的欲望；材料工程实验室、结构检验实验室和施工技术实验室主要负责专业基础实验层次的基础实验教学模块；专业基础实验层次的专业实验教学模块则按不同的专业分别由水利水电工程实验室、水文水资源实验室、港口航道与海岸工程实验室和农业水利工程实验室负责。实验中心充分利用校内外的优质教学资源为实验教学服务，通过共建建立了若干个校内外实践基地开展工程实践，如设在我校的水利部河海大学节水园区，河北岳城水库水利工程实践基地、黄山水文教学实践基地、连云港港口实践基地和淠史杭灌区教学实践基地等。